EC-CUBE2.13.5へのバージョンアップは今がチャンス
EC-CUBE2.13.5はEC-CUBE2系最後の安定バージョン。予定では2017年まで公式サポートも続きますので今2.4系や2.11系、2.12系のサイトは安くアップグレードできる2.13.5は今がチャンスかと思います。
今いきなり3にあげるのもアリですが、3へのバージョンアップは制限が多少多く、ハードルも高いためコスト的には結構変わってきてしまいます。
大きなサイトであればあるほど難易度が高いので、その場合はとりあえず今はセキュリティや機能面で充実している2.13.5がまだいいかと思います。
3はサイトの商品のURLも変わってもいい場合、大きな変化にも耐えられる余裕、時期が合う場合にやるのがいいかと思います。