EC-CUBE3は色々とまだハードルが高く、インストールについてはサーバのスペックの影響受けるため、インストーできないサーバもまだ多くあります。
ロリポップは現時点で問題ないので、一つの選択肢と思います。
デザインの調整についても、今回のバージョンからテンプレートエンジンがSmartyからTwigに変わったてんとBootsrtrapを使用したレスポンシブデザインにもなっていることから、どちらとも触ったことがなければかなり難易度は高いです。
弊社では細かい内容でもちょっとしたデザインの調整でも承っていますのでお気軽にお問い合わせくださいませ。